Beyin fonksiyonu ve bağırsak florası arasındaki etkileşim, hem hayvan hem de insan çalışmalarında ortaya konmuştur. Bununla birlikte, bu bağlantıların mekanizması büyük ölçüde bir sır olarak kalmaktadır. 2006’da yapılan bir çalışmada, Kanadalı bilim insanları, ilk kez sağlıklı farelerin bağırsak florası kötü olan kemirgenlerden daha az endişeli olduğunu bulmuştur. Benzer bir deney Kaliforniya Üniversitesi tarafından yapıldı. Araştırmada bağırsak florasının değiştirilmesinin bilişsel yeteneği nasıl etkilediği keşfedildi. Araştırmacılar bir grup kemirgeni düzenli, dengeli bir diyetle ve başka bir grubu ketojenik diyetle (daha fazla yağ, daha az karbonhidrat) besledi. Araştırmacılar, beyinde yaşla birlikte veya nörolojik hastalıkların bir sonucu olarak meydana gelebilecek bilişsel değişiklikleri simüle etti. Daha sonra, araştırmacılar farelerin labirentte hareket etme yeteneklerini gözlemlemeye başladı. Ketojenik diyet grubundaki kemirgenlerin bu görevde normal diyettekilere göre ortalama yüzde 30 daha kötü performans gösterdiği ortaya çıktı. Fark yüzde 25 ila 75 arasında değişti. Daha sonraki deneylerin bir sonucu olarak, araştırmacılar, bağırsak bakterisi Bilophila wadsworthia’nın hipokampusun işleyişini (beynin bu alanı bilişsel yeteneklerden sorumludur), özellikle bu bölmenin içindeki hücresel sinyalleşmeyi etkileyebildiğini ortaya çıkardı. 
Bağırsaklarımızda trilyonlarca mikroorganizma vardır ve bunlar insan vücudundaki hücrelerden daha fazladır. Beynin nasıl çalıştığını etkileyen çeşitli kimyasallar üretirler. Örneğin, butirat, propiyonat ve asetat gibi kısa zincirli yağ asitleri. Bu asitler özellikle tok olduğumuza ve iştahımızın azaltılabileceğine dair bir sinyal verir. Araştırmalar, bağırsak florası tarafından diyet lifinin fermantasyonuna, yüksek kalorili gıdalarla ilişkili beyin aktivitesini azaltabilen bir asit olan propiyonat sentezinin eşlik ettiğini göstermektedir. Bağırsak florası tarafından aktif olarak sentezlenen mutluluk hormonu serotonine gelince, beyindeki hormonun seviyesini değil, bağırsağın kendisinin sinir sistemini etkiler. Ruh halini belirli bakterilerle etkileyebilir miyiz? Gastroenterology dergisinde yayınlanan bir araştırma bu soruya olumlu yanıt veriyor. Depresyon semptomları olan ve aynı zamanda sindirim sorunları olan gönüllülere plasebo ve belirli bir tür bifidobakteri verildi. 6 hafta sonra, ikinci gruptaki katılımcılar kendilerini daha iyi hissetti. 
Bağırsak florasını aktive etmek için diyetimizi belirli besinlerle çeşitlendirmemiz gerekiyor: Yüksek Lifli Gıdalar – Tam tahıllar – Kuru yemişler – Yağlı tohumlar – Meyveler – Sebzeler Bu gıdaların tümü, bağırsak florası için faydalı olan prebiyotik lifler içerir. Prebiyotikler, bir stres hormonu olan kortizol düzeylerini düşürebilir. Balıklar Ağırlıklı olarak sağlıklı yağlar içeren balıklar (somon, uskumru, hamsi) iyi miktarda omega 3 sağlar. Çalışmalar, bağırsaktaki faydalı bakteri sayısını artırmaya ve beyin hastalığı riskini azaltmaya yardımcı olduklarını göstermiştir. Fermente Gıdalar – Yoğurt – Kefir – Lahana turşusu – Peynirler Bu tür fermente gıdalar Laktobasiller gibi faydalı mikroorganizmalar içerirler. Polifenoller Açısından Zengin Besinler – Kakao – Yeşil çay – Zeytin yağı – Kahve Polifenoller, bağırsak bakterileri tarafından sindirilen bitki kimyasallarıdır. Bağırsaktaki faydalı mikroorganizmaların sayısını arttırırlar ve bilişsel performansı iyileştirebilirler. Triptofan Açısından Zengin Besinler – Hindi – Yumurta – Süzme peynir – Lor peynirleri – Fıstık – Susam – Baklagiller Triptofan, serotonine dönüştürülen bir amino asittir. 
Batı tarzı bir diyet (çok fazla yağlı et, kolayca sindirilebilir karbonhidratlar, az sayıda sebze ve meyve, düşük diyet lifi alımı), bağırsak florasının kompozisyonunu ve işlevlerini olumsuz etkiler. Mikroorganizmaların çeşitliliği azalır, yararlı kısa zincirli yağ asitleri azalır, bağırsak duvarının geçirgenliği artar ve kronik iltihaplanma, ateroskleroz gelişimi ve kalp yetmezliği gelişimi riski artar. İdeale en yakın olanı Akdeniz diyetidir. Bağırsak florası tarafından fermantasyon nedeniyle moleküler hidrojen, kısa zincirli yağ asitleri gibi antioksidanların sentezini sağlayan diyet lifi alımının neredeyse iki katına çıkarılması çok faydalıdır. Bütün bunlar ruh halini iyileştirmeye yardımcı olur ve depresyon gelişimini önler. Avrupa bilimsel konsorsiyumu My New Gut’tan araştırmacılar, depresyonu önlemek için diyete daha fazla tam tahıl, lif ve balık eklenmesini tavsiye ediyor. Alışkanlıklarımızın ve davranışlarımızın çoğu bağırsak florasının bileşimini etkiler ve floranın bileşimi de duygularımızı ve çevremizdeki dünyaya karşı tutumlarımızı etkiler. Bir grup Fin araştırmacı, 2,5 aylık çocuklarda bağırsak florasının bileşiminin, büyük ölçüde çevrelerindeki dünyaya karşı dostluklarını ve olumlu tutumlarını belirlediğini göstermiştir. Fiziksel aktivite ve sporun, Firmcutes gibi bakteri sayısını ve çeşitliliğini artırarak bağırsak florası üzerinde olumlu etkisi olduğu bilinmektedir. Bazı bağırsak mikroorganizmalarının, beyni ve sindirim sistemini birbirine bağlayan vagus sinirinin liflerinden beyne girebilen alfa-sinüklein proteinini sentezlediği bilinmektedir. Bu tip proteinler, Parkinson hastalığı, amyotrofik lateral skleroz ve Alzheimer hastalığının gelişiminde rol oynar. Farelerde otizm semptomları simüle edilirken, lactobacillus reuteri’nin verilmesinden sonra otizm belirtilerinin ortadan kalktığı gösterildi. Bu bakterinin ne tür bir sinyal verdiği ve hangi maddeyi ürettiği bilinmiyor. İtalya’da şu anda bu bakterileri alan 80 otizmli çocuk üzerinde klinik deneyler devam etmektedir.
Bağırsaklarımızda trilyonlarca mikroorganizma vardır ve bunlar insan vücudundaki hücrelerden daha fazladır. Beynin nasıl çalıştığını etkileyen çeşitli kimyasallar üretirler. Örneğin, butirat, propiyonat ve asetat gibi kısa zincirli yağ asitleri. Bu asitler özellikle tok olduğumuza ve iştahımızın azaltılabileceğine dair bir sinyal verir. Araştırmalar, bağırsak florası tarafından diyet lifinin fermantasyonuna, yüksek kalorili gıdalarla ilişkili beyin aktivitesini azaltabilen bir asit olan propiyonat sentezinin eşlik ettiğini göstermektedir. Bağırsak florası tarafından aktif olarak sentezlenen mutluluk hormonu serotonine gelince, beyindeki hormonun seviyesini değil, bağırsağın kendisinin sinir sistemini etkiler. Ruh halini belirli bakterilerle etkileyebilir miyiz? Gastroenterology dergisinde yayınlanan bir araştırma bu soruya olumlu yanıt veriyor. Depresyon semptomları olan ve aynı zamanda sindirim sorunları olan gönüllülere plasebo ve belirli bir tür bifidobakteri verildi. 6 hafta sonra, ikinci gruptaki katılımcılar kendilerini daha iyi hissetti. Bağırsak florasını aktive etmek için diyetimizi belirli besinlerle çeşitlendirmemiz gerekiyor: Yüksek Lifli Gıdalar – Tam tahıllar – Kuru yemişler – Yağlı tohumlar – Meyveler – Sebzeler Bu gıdaların tümü, bağırsak florası için faydalı olan prebiyotik lifler içerir. Prebiyotikler, bir stres hormonu olan kortizol düzeylerini düşürebilir. Balıklar Ağırlıklı olarak sağlıklı yağlar içeren balıklar (somon, uskumru, hamsi) iyi miktarda omega 3 sağlar. Çalışmalar, bağırsaktaki faydalı bakteri sayısını artırmaya ve beyin hastalığı riskini azaltmaya yardımcı olduklarını göstermiştir. Fermente Gıdalar – Yoğurt – Kefir – Lahana turşusu – Peynirler Bu tür fermente gıdalar Laktobasiller gibi faydalı mikroorganizmalar içerirler. Polifenoller Açısından Zengin Besinler – Kakao – Yeşil çay – Zeytin yağı – Kahve Polifenoller, bağırsak bakterileri tarafından sindirilen bitki kimyasallarıdır. Bağırsaktaki faydalı mikroorganizmaların sayısını arttırırlar ve bilişsel performansı iyileştirebilirler. Triptofan Açısından Zengin Besinler – Hindi – Yumurta – Süzme peynir – Lor peynirleri – Fıstık – Susam – Baklagiller Triptofan, serotonine dönüştürülen bir amino asittir. Batı tarzı bir diyet (çok fazla yağlı et, kolayca sindirilebilir karbonhidratlar, az sayıda sebze ve meyve, düşük diyet lifi alımı), bağırsak florasının kompozisyonunu ve işlevlerini olumsuz etkiler. Mikroorganizmaların çeşitliliği azalır, yararlı kısa zincirli yağ asitleri azalır, bağırsak duvarının geçirgenliği artar ve kronik iltihaplanma, ateroskleroz gelişimi ve kalp yetmezliği gelişimi riski artar. İdeale en yakın olanı Akdeniz diyetidir. Bağırsak florası tarafından fermantasyon nedeniyle moleküler hidrojen, kısa zincirli yağ asitleri gibi antioksidanların sentezini sağlayan diyet lifi alımının neredeyse iki katına çıkarılması çok faydalıdır. Bütün bunlar ruh halini iyileştirmeye yardımcı olur ve depresyon gelişimini önler. Avrupa bilimsel konsorsiyumu My New Gut’tan araştırmacılar, depresyonu önlemek için diyete daha fazla tam tahıl, lif ve balık eklenmesini tavsiye ediyor. Alışkanlıklarımızın ve davranışlarımızın çoğu bağırsak florasının bileşimini etkiler ve floranın bileşimi de duygularımızı ve çevremizdeki dünyaya karşı tutumlarımızı etkiler. Bir grup Fin araştırmacı, 2,5 aylık çocuklarda bağırsak florasının bileşiminin, büyük ölçüde çevrelerindeki dünyaya karşı dostluklarını ve olumlu tutumlarını belirlediğini göstermiştir. Fiziksel aktivite ve sporun, Firmcutes gibi bakteri sayısını ve çeşitliliğini artırarak bağırsak florası üzerinde olumlu etkisi olduğu bilinmektedir. Bazı bağırsak mikroorganizmalarının, beyni ve sindirim sistemini birbirine bağlayan vagus sinirinin liflerinden beyne girebilen alfa-sinüklein proteinini sentezlediği bilinmektedir. Bu tip proteinler, Parkinson hastalığı, amyotrofik lateral skleroz ve Alzheimer hastalığının gelişiminde rol oynar. Farelerde otizm semptomları simüle edilirken, lactobacillus reuteri’nin verilmesinden sonra otizm belirtilerinin ortadan kalktığı gösterildi. Bu bakterinin ne tür bir sinyal verdiği ve hangi maddeyi ürettiği bilinmiyor. İtalya’da şu anda bu bakterileri alan 80 otizmli çocuk üzerinde klinik deneyler devam etmektedir.